Теоретические модели служат эффективным инструментом познания в науках о природе. Однако в педагогике, в методологии и методике преподавания естественных наук существует реальная опасность полной подмены изучения природы изучением моделей. Эта опасность не уменьшается, а нарастает с ходом развития науки в силу постепенного увеличения доли теории в общем объеме научных знаний и ее усложнения. В статье анализируются основные методологические ошибки в преподавании химии, связанные с соотношением теоретического и эмпирического в учебном материале.